13 декабря 1872 года открыто Преображенское кладбище. Это было первое кладбище Петербурга, подчинённое не церковному начальству, а городской администрации. Оно было обустроено за счёт города. Это обошлось в 146 тысяч рублей. Участок на возле станции Обухово был куплен Комиссией по устройству загородных кладбищ. Справа от железной дороги начались работы по устройству православного кладбища, слева хоронили евреев, лютеран, католиков и прочих «иноверцев». Минимальная цена места для захоронения составляла 50 копеек, панихида столько же. Максимальная стоимость места — в кладбищенской церкви — составляла 400 рублей, особая литургия стоила 20 рублей. Весь доход от похорон шёл в городскую казну. Для общего руководства кладбищем Городской думой назначался особый санитарный попечитель.
В это же время на православной стороне кладбища началось строительство Преображенской церкви, а в самом Петербурге, возле Николаевского вокзала построили здание приёмной станции с деревянной часовней Пресвятой Троицы, где гробы ожидали отправки на кладбище по железной дороге.
С самого начала Преображенское кладбище считалось местом захоронения бедняков. Чуть не половину всех погребаемых составляли умершие дети из Воспитательного дома. Затем число захоронений росло за счёт бедных, пришедших в столицу в годы промышленного подъёма.
Весной 1881 года здесь тайно захоронили останки народовольцев-первомартовцев, казненных за убийство Александра II. В начале 1905 года здесь же тайно похоронили в братской могиле 88 жертв Кровавого воскресения. Осенью 1908 года здесь стали хоронить ― тоже по большей части в братских могилах ― умерших во время эпидемии холеры. В январе 1918 года там же были похоронены жертвы расстрела мирной демонстрации в поддержку Учредительного собрания.
В 1925 году Ленгубисполком принял решение о сооружении памятника на могилах жертв 9 января и переименовании Преображенского в кладбище Жертв 9 января. Открытие памятника состоялось через пять лет.
А вскоре на кладбище снова стали появляться тайные захоронения. По словам дочери местного священника Алексея Чужбовского, начиная с 1920-х на Преображенское кладбище ночами привозили расстрелянных и тайно закапывали. В декабре 1937 года был арестован и сам Чужбовский. Вместе с цветочницей Александрой Николаевой (74 года). За «распространение клеветнических слухов» о том, что на кладбище хоронят расстрелянных. Перед новым 1938 годом кладбище было закрыто для посещений на трое суток. Живущие в ближайших домах слышали, как три ночи ― с 27 по 29 декабря ― подряд на кладбище шли машины. Только в последний день в Ленинграде были расстреляны 250 человек. Предполагается, что все они похоронены на Преображенском кладбище. Во всяком случае, в ту ночь могильщик опознал священника, похоронил в стороне и сообщил об этом его семье.
В 1992 году Наталья Константинова, дочь репрессированного учёного и изобретателя Александра Константинова, стала добиваться установки здесь памятника всем погибшим. Дело тянулось почти десять лет. Только в 2001 году был установлен скромный памятник.
Любопытно, какая судьба постигла бы её, если б она начала это дело сегодня. Прямо сейчас мы видим, как мстят наследники НКВД историку Юрию Дмитриеву за правду о Сандармохе ― известном теперь всему миру месте массовых захоронений времён Большого террора. «Мой путь, моя дорога заключается в том, чтобы возвращать из небытия тех людей, кто сгинул по вине государства нашего родного, будучи несправедливо обвинёнными, расстрелянными, зарытыми в лесах, как бездомные животные», — сказал Дмитриев в своём последнем слове в суде. Благая цель, только не всем по нутру. Правда о сотнях расстрельных ям не вяжется с благолепием новой российской истории. В которой и грозный Иван IV, и стальной Иосиф I ― великие преобразователи во имя мира и человечества.
